A Secretaria Municipal de Saúde de São Bento do Sul desenvolve uma série de programas, que têm como objetivo atender às necessidades gerais da população. Entre os programas podemos citar Assistência Farmacêutica, Assistência Laboratorial, DST/AIDS, Área de Pesquisa, Saúde da Pessoa com Deficiência, Saúde da Mulher, Saúde Ocular, Saúde Bucal e Saúde da Criança e do Adolescente.