O Restaurante do Museu é especializado na preparação de pratos com frutos do mar e baseada na culinária açoriana.
Entre os pratos do cardápio a casa recomenda a Alcatra de Peixe, feita com temperos açorianos, filés de garopa e acompanhado por arroz, batata frita ou cozida e salada.
Dispõe de petiscos servidos em porções, como ostras gratinadas, bolinho de bacalhau, iscas de peixe, tábua de frutos do mar e camarão à milanesa.