Órgão vinculado ao Ministério da Defesa é responsável pela emissão e controle de habilitações para embarcações amadoras e profissionais. Para obter a carteira, basta apresentar uma cópia autenticada do documento de identidade e do CPF, além do atestado médico e da autorização dos pais no caso de uma solicitação para menores de 18 anos.
A Capitania dos Portos também licencia obras e fornece informações aos navegantes, como cartas náuticas e serviços meteorológicos.