O Hotel Águas de Palmas proporciona acomodações em três blocos sendo Aquarius, Caravelas e o Náutilus. O bloco Aquarius dispõe de 25 apartamentos com capacidade para quatro pessoas, o Caravelas lista 30 apartamentos para acomodar até três pessoas.
Já o Náutilus oferece 20 apartamentos com acomodações para até quatro pessoas. Todos os apartamentos são equipados com ar condicionado, ventilador de teto, sacada com rede, televisão, telefone e frigobar.
Dentre as opções para o lazer oferece 13 piscinas sendo uma térmica e outra de hidromassagem, além de sauna, salão de jogos, quadra para vôlei de praia, tênis e futebol, playground, trilha ecológica, passeio de trenzinho, churrasqueira, salão de festa, academia de ginástica e área verde.
O hotel também destaca espaço cultural, casa de chá, horta orgânica, apoio de praia e um restaurante que proporciona para os hóspedes na alta temporada, meia pensão que inclui café da manhã e jantar. Na baixa temporada a diária inclui pensão completa com café da manhã, almoço e jantar.