O Museu Botânico tem espaço para exposições, biblioteca e auditório.
Possui um herbário com mais de 300 mil plantas.
Foi criado em 1965 a partir da doação do acervo pessoal do botânico Gerdt Hatschbach.
Sua primeira sede funcionou no Passeio Público e somente em 1992 o museu foi transferido para o Jardim Botânico.